Ngày 22/6/2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 96/2015/TT-BTC hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014; số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính. Các nội dung mới của Thông tư số 96/2015/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 6/8/2015 và áp dụng cho kỳ tính thuế TNDN từ năm 2015 trở đi. Trong đó, những sửa đổi, bổ sung rất đáng quan tâm như sau:
 
Thứ nhất: Về phương pháp tính thuế TNDN
 
Sửa đổi, bổ sung một số quy định về kê khai, nộp thế TNDN đối với doanh nghiệp (DN) Việt Nam đầu tư tại nước ngoài trong một số trường hợp như: DN Việt Nam đầu tư ở nước ngoài chuyển phần thu nhập sau khi đã nộp thuế TNDN ở nước ngoài của DN về Việt Nam đối với các nước đã ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần thì thực hiện theo quy định của Hiệp định; Đối với các nước chưa ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần thì trường hợp thuế TNDN ở các nước mà DN đầu tư chuyển về có mức thuế suất thuế TNDN thấp hơn thì thu phần chênh lệch so với số thuế TNDN tính theo Luật thuế TNDN của Việt Nam. Khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài được kê khai vào quyết toán thuế TNDN của năm có chuyển phần thu nhập về nước theo quy định của pháp luật về đầu tư trực tiếp ra nước ngoài. Khoản lãi, lỗ phát sinh từ dự án đầu tư ở nước ngoài không được bù trừ vào số lỗ, lãi phát sinh trong nước của DN khi tính thuế TNDN. Trường hợp DN Việt Nam đầu tư ở nước ngoài có chuyển phần thu nhập về nước mà không thực hiện kê khai, nộp thuế đối với phần thu nhập chuyển về nước thì cơ quan thuế thực hiện ấn định thu nhập chịu thuế từ hoạt động SXKD tại nước ngoài theo quy định của Luật Quản lý thuế.
 
Đơn giản hóa hồ sơ, tài liệu khi kê khai và nộp thuế của DN đầu tư ra nước ngoài đối với khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài, đảm bảo tương đồng với trường hợp áp dụng Hiệp định, bao gồm: Bản chụp Tờ khai thuế thu nhập ở nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế (NNT); Bản chụp chứng từ nộp thuế ở nước ngoài có xác nhận của NNT hoặc bản gốc xác nhận của cơ quan thuế nước ngoài về số thuế đã nộp hoặc bản chụp chứng từ có giá trị tương đương có xác nhận của NNT. (Trước đây, khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài kê khai vào quyết toán thuế TNDN của năm tiếp sau năm tài chính phát sinh khoản thu nhập tại nước ngoài hoặc kê khai vào quyết toán thuế TNDN của năm tài chính cùng với năm phát sinh khoản thu nhập tại nước ngoài nếu DN có đủ cơ sở và chứng từ xác định được số thu nhập và số thuế TNDN đã nộp của dự án đầu tư tại nước ngoài).
 
Thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài là một khoản thu nhập khác, khoản lỗ phát sinh từ dự án đầu tư ở nước ngoài không được trừ vào thu nhập phát sinh trong nước của DN.
 
Hồ sơ, tài liệu khi kê khai và nộp thuế của DN đầu tư ra nước ngoài đối với khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài gồm 5 tài liệu, gồm: Văn bản của DN về việc phân chia lợi nhuận của dự án đầu tư tại nước ngoài;  Báo cáo tài chính của DN đã được tổ chức kiểm toán độc lập xác nhận; Tờ khai thuế TNDN của DN thuộc dự án đầu tư tại nước; Biên bản quyết toán thuế đối với DN (nếu có); Xác nhận số thuế đã nộp tại nước ngoài hoặc chứng từ chứng minh số thuế đã nộp ở nước ngoài.
 
Thứ hai: Về xác định thu nhập tính thuế
 
Trong Thông tư mới lần này hướng dẫn rõ hơn về chuyển lỗ năm tiếp theo giữa các loại thu nhập, cụ thể: DN trong kỳ tính thuế có các hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia thực hiện dự án đầu tư (trừ dự án thăm dò, khai thác khoáng sản), nếu bị lỗ thì số lỗ này được bù trừ với lãi của hoạt động SXKD (bao gồm cả thu nhập khác). Nếu sau khi bù trừ vẫn còn lỗ thì tiếp tục được chuyển sang các năm tiếp theo trong thời hạn chuyển lỗ theo quy định.
 
Thứ ba: Về thời điểm xác định doanh thu để tính thuế TNDN
 
Thời điểm xác định xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế đối với hoạt động cung ứng dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc hoàn thành từng phần việc cung ứng dịch vụ cho người mua, trừ một số trường hợp cụ thể như doanh thu để tính thu nhập chịu thuế đối với hàng hoá, dịch vụ dùng để trao đổi). Trước đây, thời điểm xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế đối với hoạt động cung ứng dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ cho người mua hoặc thời điểm lập hoá đơn cung ứng dịch vụ. Trường hợ